Що таке техніка ДНКази I, яка використовується для вивчення взаємодій?
Метод відбитків ДНК-ази I був розроблений, щоб використовувати це явище у вивченні взаємодії ДНК-білок; воно полягає в порівняння структури фрагментів, утворених частковим розщепленням ДНК за відсутності білка, з фрагментами, утвореними частковим розщепленням ДНК у присутності білка.
ДНКаза I – це потужна техніка in vitro, яка використовується для ідентифікувати взаємодії ліганд–ДНК у певних послідовностях ДНК (1,2). Протягом останніх двох десятиліть це був фундаментальний аналіз, який використовувався для визначення селективності послідовності як для білків, так і для ДНК-зв’язуючих сполук (3,4).
Метод відбитків ДНК заснований на тому принципі сайт, де білок зв'язується з ДНК, захищений від розщеплення нуклеазами, що означає, що шляхом виділення «захищених» фрагментів ДНК можна визначити точний сайт зв’язування з білком [38–40].
Частим використанням ДНКази I є для обробки препаратів РНК для розкладання слідів до помірних кількостей геномної ДНК (до 10 мкг/мл), що інакше може призвести до хибнопозитивних сигналів у наступній RT-PCR. Кількість РНК, яку можна обробити в одній реакції ДНКази I, залежатиме від кількості забруднення ДНК.
ДНК-відбитки – це метод дослідження специфічність послідовності ДНК-зв'язуючих білків in vitro. Цю техніку можна використовувати для вивчення взаємодії білок-ДНК як поза, так і всередині клітин. Регуляція транскрипції була широко вивчена, але все ще багато чого невідомого.
Мета є щоб побачити, чи може мікроб використовувати ДНК як джерело вуглецю та енергії для росту. Використання ДНК здійснюється за допомогою ферменту, який називається ДНКазою.