Яка різниця між моделюванням гомології та моделюванням ab initio?
Щоб зробити це кількома словами, моделювання гомології використовується для передбачення структури білка на основі структури його близького родича (цей родич визначається шляхом порівняння його послідовності з
) і метод ab initio використовується, коли ми не знаходимо жодного близького родича. 13 серпня 2015 р.
Ці обмежені знання про згортання білків формують основу прогнозування ab initio. Метод ab initio передбачення намагається створити всеатомні моделі білка на основі лише інформації про послідовність без допомоги відомих білкових структур (що стосується моделювання гомології).
Метод білкових ниток, також відомий як розпізнавання складок, відрізняється від моделювання гомології тим, що він може ідентифікувати послідовності зі схожими згортаннями білків, які демонструють меншу подібність послідовностей.
Як правило, моделювання ab initio проводить конформаційний пошук під керівництвом розробленої енергетичної функції. Ця процедура зазвичай генерує ряд можливих конформацій (також званих структурними приманками), і з них вибираються остаточні моделі.
Гомологічне моделювання є один із методів обчислювального прогнозування структури, який використовується для визначення тривимірної структури білка за його амінокислотною послідовністю. Вважається найточнішим з обчислювальних методів прогнозування структури. Він складається з кількох простих кроків, які легко застосувати.
Переваги методу ab initio включають точність і низька вартість, а до недоліків можна віднести обчислювальну складність і обмежену застосовність.