Який принцип молекулярного моделювання?
Молекулярне моделювання є міждисциплінарною галуззю, яка включає в себе теоретичні концепції та ефективні обчислювальні алгоритми для вивчення хімічних явищ [65]. Основна ідея полягає в тому, щоб використовувати наближені математичні моделі, маючи можливість якомога точніше передбачити поведінку хімічних систем [129].
Молекулярне моделювання можна визначити як клас комп’ютеризованої роботи, яка застосовує закони фізики, підкріплені експериментальними даними, які можна використовувати або для аналізу молекул, включаючи кількість і типи атомів, природу зв’язків, довжини зв’язків, кути та двогранні кути, молекулярні енергія, геометрія…
Використовується молекулярне моделювання для моделювання молекулярної поведінки в хімічних або біологічних системах (Ліч, 1996). Відповідно, це один із провідних методів, який працює з широким спектром застосувань, таких як дизайн ліків, біоматеріали, нові матеріали та спектроскопія.
Молекулярна структура молекули заснована на принципі Теорія відштовхування електронних пар валентної оболонки (VSEPR).. Базуючись на теорії VSEPR, молекулярна структура молекули залежить від зв’язаних електронів, а також від кількості неподілених пар у центральному атомі.
Молекулярна механіка описує молекули в термінах «зв’язаних атомів» (атомів у молекулі), їхні позиції спотворені від деякої ідеалізованої (рівноважної) геометрії через незв’язану взаємодію з атомами тієї самої молекули та інших молекул.
Основи молекулярного моделювання. Молекулярне моделювання описує створення, представлення та/або маніпулювання тривимірною структурою хімічних і біологічних молекул разом із визначенням фізико-хімічних властивостей, які можуть допомогти інтерпретувати взаємозв’язок структурної активності (SAR) біологічних молекул.