Що таке дозволена та заборонена область на ділянці Рамачандран?
Зазвичай на графіку є три області: найбільш сприятливі області (де комбінації φ і ψ зазвичай зустрічаються в білках), дозволені області (менш поширені, але все ще допустимі конформації) і заборонені області (де стеричні зіткнення перешкоджають амінокислот від прийняття цих кутів φ і ψ … 3 грудня 2023 р.
Графік Рамачандрана показує статистичний розподіл комбінацій основних двогранних кутів ϕ і ψ. Теоретично дозволені регіони Рамачандранського сюжету показати, які значення кутів Phi/Psi можливі для амінокислоти X у трипептиді ala-X-ala (Рамачандран та ін., 1963).
Спостережувані місця заборонених залишків називаються забороненими плямами. Ці плями містять короткі петлі з 3–5 залишків і місця, де залишки беруть участь у дисульфідних зв’язках або внутрішньомолекулярних або міжмолекулярних взаємодіях із сусідньою водою, металами чи лігандами.
Показано заштриховані області комбінації кутів phi/psi, які є енергетично сприятливими і тому часто спостерігаються.
«Улюблений регіон» у сюжеті Рамачандрану стосується область, де найбільш часто зустрічаються (ϕ, ψ) торсійні кути білкового остову. Він представляє конформації, які є енергетично сприятливими та дозволеними для структури білка.
Ділянка Рамачандрану та якість структури Інші регіони є менш сприятливими та є погано заселені в доброякісні споруди (жовтий колір). Це є результатом стеричних перешкод – специфічні обертання навколо поліпептидного ланцюга призведуть до наближення атомів один до одного, створюючи високу енергію стеричного відштовхування.