Що таке нормальна динаміка білка?
нормальний
(NMA) є швидкий і простий метод розрахунку режимів коливань і гнучкості білка. У NMA, іноді обмеженому лише атомами Cα, атоми моделюються як точкові маси, з’єднані пружинами, які представляють міжатомні силові поля. Одним із конкретних типів NMA є модель еластичної мережі.
Нормальний режим аналізу (NMA) є техніка, яка може бути використана для опису гнучких станів, доступних для білка щодо положення рівноваги. Неодноразово було показано, що ці стани мають функціональне значення.
Нормальним режимом динамічної системи є модель руху, в якій усі частини системи рухаються синусоїдально з однаковою частотою та з фіксованим співвідношенням фаз. Вільний рух, описаний нормальними модами, відбувається на фіксованих частотах.
Нормальний режим аналізу є дуже корисна техніка для визначення того, які конформаційні стани доступні даній макромолекулі. Він може надати більшу частину тієї самої інформації, що надається більш дорогими з обчислювальної точки зору методами, такими як моделювання молекулярної динаміки, лише за невелику частку вартості.
Резюме Аналіз нормального режиму та аналіз істотної динаміки потужні методи, що використовуються для аналізу колективних рухів у біомолекулах. Їхнє застосування призвело до оцінки важливості динаміки білків у функціонуванні та зв’язку між структурою та динамічною поведінкою.
Нормальні режими є використовується для опису різних коливальних рухів у молекулах. Кожен режим може характеризуватися іншим типом руху, і кожен режим має певну симетрію, пов’язану з ним.