Що таке база даних Swissprot?
SWISS-PROT (1) є анотований білок
, який було створено на кафедрі медичної біохімії Женевського університету та є спільними зусиллями кафедри та Європейської лабораторії молекулярної біології (EMBL) з 1987 року.
SWISS-PROT — це підібрана база даних послідовностей білків, яка прагне забезпечити високий рівень анотацій (таких як опис функції білка, структури його доменів, посттрансляційних модифікацій, варіантів тощо), мінімальний рівень надмірність і високий рівень інтеграції з іншими базами даних.
Яскравий приклад вторинні бази даних є SWISS-PROT, який надає детальну анотацію послідовності, що включає структуру, функції та розподіл сімейства білків.
SWISS-MODEL включає репозиторій SWISS-MODEL і робочий простір SWISS-MODEL. Це автоматизована платформа моделювання гомології структури білка для створення 3D-моделей білка з використанням порівняльного підходу та база даних анотованих моделей для ключових еталонних протеомів на основі UniProtKB.
UniProt Knowledgebase (UniProtKB) — це база даних білків, частково підготовлена експертами, яка складається з двох розділів: UniProtKB/Swiss-Prot (містить переглянуті, анотовані вручну записи) і UniProtKB/TrEMBL (містять непереглянуті, автоматично анотовані записи).
Можна використовувати бази даних білків в аналізі послідовності для ідентифікації гомологічних послідовностей і прогнозування функцій білка на основі подібності послідовностей. Бази даних білка також можна використовувати для прогнозування структури білка шляхом порівняння послідовності амінокислот білка з відомими структурами в базі даних.